はじめまして,中野といいます.

ぼくも同じ状況になったことがあります.

Windowsでファイルを作りセーブすると
#!/usr/bin/ruby\r\n
のような改行コードが付くことになります.
一方,UNIXでは,'\n'を改行と思って解釈しますので,
  ruby\r
を呼ぼうとします.
で,こんなプログラムは無いといって実行できないわけです.

nkfなどでUNIXの改行コードに変換してみてはどうでしょう.

以上です.