こんにちは,ひやまです.
すごく遅い返答になってしまいました.

みなさんに教えてもらったことで目的が達成できました.
ラジオボタンの有無のチェックは,有馬さんに教えてもらったように
「HIDDEN」を使ってデフォルト値を送信元フォームに用意しました.

最終的にRubyの話ではなくhtmlの話になってしまって申し訳ないです.
アドバイスくださった方々,ありがとうございました.

>> | ちなみにうまくいかなかったときは,rubyがcgiを実行しっぱなし
>> | になり,killするまで止まりません.
>> cgi はそれなりに短時間で終了してくれないと困ると思いますが、
>> なぜでしょうね。
これも最終的にはなくなりました.(といってもエラーがでないだけで
実際にはちゃんと解決していないかもしれない)

何をしていたかというと...

multipartなフォームで受け取ったデータを

  testUser = aaa["testgroup"][0]
とやって受け取っていたのですが,その後に

  Dir.chdir(testUser.read)
などとやって,そのままもう一度(rewindせずに)

  print testUser.read
などとやっていたためなんじゃないかなぁと.
まぬけな結果ですみません.

rewindするようにしてからは,実行されっぱなしということはなくなった
ので,これで解消したかと思っていますが(httpdのエラーにも今のところ
何も出なくなった),まだ落とし穴があるかもしれません.