るびきちです。
setup.rbですが、/~\Z/や/\A#/なるファイルはインストールされるべきではないので、
どうせだったら次のようにしてもいいのでは？

--- /home/rubikitch/src/setup-2.0.4/setup.rb	Sat Apr  7 15:05:56 2001
+++ setup.rb	Sat Jun 16 15:09:18 2001
@@ -548,7 +548,7 @@
 
   def install_all( dir, mode )
     Dir.foreach('.') do |fname|
-      next if /\A\./ === fname
+      next if /\A\.|~\Z|\A#/ === fname
       next unless File.file? fname
 
       install fname, dir, mode
るびきち☆
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