豊福です。

近藤さん
> 大学で学生の発明を支援するプロジェクトで、「高い効率でローマ字仮名変換を行う
> ソフトウェア」の開発をしています。
 ...
> 実際にフリーウェア等を開発された経験のある方や、日本語入力にお詳しい方がいら
> っしゃいましたら、
> 皆さんの御意見や助言をいただければ幸いに存じます。

  ローマ字仮名変換だけにとどまりませんが
増井さんの入力方式に関するページ
http://www.csl.sony.co.jp/person/masui/POBox/InputMethods.html
にいろいろな方法の紹介やリンクがありますので見てみると
面白いですよ。ウ段の入力省略なんかM式につうじるところ
がありますね。
  数年前にあった JUS の日本語入力ワークショップでも
いくつかローマ字仮名変換の改良が報告されてました。
(JUSのページにどこか置いてないかな。会員以外には
公開されてないのだろうか)
  Ruby によるローマ字仮名変換の実装は、あ伊藤さんに
よる skkinput の実装があったと思います。作りかけで
おもちゃレベルですが私も skk.rb というのを Jed(エディタ)
上に作ってます。

まつもとさん
>               GMNRPV ゃゅょー
>                YHKST AUIOE
>                 ZWBD 小んっ、。

  これはなんていう配列ですか。
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                        豊福
                        toyofuku / juice.or.jp