一つ書き忘れました。

 Ruby/SDL の extconf.rb に以下の修正を加えて頂けないでしょうか。
ドキュメントには --with-opt-dir=... で指定するようにあるのですが、
X11 用の設定が必要と分かっている場合は dir_config('x11') して
頂ければと思います。(他の拡張ライブラリの作者の方々も :)

-- 
                     /
                    /__  __            Akinori.org / MUSHA.org
                   / )  )  ) )  /     FreeBSD.org / Ruby-lang.org
Akinori MUSHA aka / (_ /  ( (__(  @ iDaemons.org / and.or.jp

"Freeze this moment a little bit longer, make each impression
  a little bit stronger..  Experience slips away -- Time stand still"

--- extconf.rb.orig	Sat Apr 21 21:58:46 2001
+++ extconf.rb	Fri Apr 27 20:24:26 2001
@@ -22,6 +22,8 @@
   $CFLAGS+= " -D HAVE_SDL_TTF "
 end
 if enable_config("opengl",false) then
+  dir_config('x11')
+
   $CFLAGS+= " -D DEF_OPENGL "
   if arg_config("--linkoglmodule",false) then
     $CFLAGS+= " -D INIT_OGLMODULE_FROM_SDL "