> Rational#rationalize を始め、多くの #rationalize メソッドが削除
> されたようですが、何か理由があってのことでしょうか。

結果として現状のまま残してよいという確信が持てない、というのが理由です。
試験的に導入したという事をすっかり忘れていました。

> すでに feature freeze 済みであるため、今後互換性を維持するのに
> 重大な問題があるなど、本当にやむを得ない理由があるのでない限りは
> 削除してはいけません。
> experimental であっても、trunk にコミットした状態で feature freeze
> してしまった以上、手遅れであると考えます。

手遅れですか。それは大変ですね。それで良いのであれば、元に戻せばいいと思います。