なかだです。

http://www.ipa.go.jp/security/fy20/reports/tech1-tg/2_05.html を
みて思い出したんですが、相対パスを使うDirのインスタンスメソッド
はどうでしょうか。実装はmvmブランチにあります。

$ ./ruby -v -e 'p Dir.open("ext"){|d|d.open("extmk.rb"){|f|f.gets}}'
ruby 1.9.1 (2008-12-25 mvm 20976) [i686-linux]
"#! /usr/local/bin/ruby\n"

$ mkdir tmp
$ touch tmp/x tmp/y
$ ./ruby -e 'p Dir.open("tmp"){|d|d.unlink("x")}'
0
$ ls tmp/
y

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--- 僕の前にBugはない。
--- 僕の後ろにBugはできる。
    中田 伸悦