Tanaka Akira さんは書きました:
> Net::SSH の問題は手元では再現しないので、この問題の状況はよ
> くわかりません。

以下で、おそらく同じと思われる現象が起きます。
手元では実行ごとに毎回発生していますが、
もしかすると何度か実行すると〜かもしれません。

------------------------------------------------------------------------------
th = []

2.times do
  th << Thread.new do
    open("/dev/zero") do |i|
      loop do
        r, = IO.select([i], [], [], 0)
        if r
          p i.read(1)
          break
        end
      end
    end
  end
end

th.each {|t| t.join }
------------------------------------------------------------------------------

参考になるかどうかわかりませんがdebug printを入れてみました。
先頭が行番号です。

11249     /* Do the select if needed */
11250 fprintf(stderr,"%4d) need_select=%d\n",__LINE__,need_select);    if (need_select) {
11251         /* Convert delay to a timeval */
...
11267         n = select(max+1, &readfds, &writefds, &exceptfds, delay_ptr);
11268 fprintf(stderr,"%4d) n=%d\n",__LINE__,n);       if (n < 0) {
11269             int e = errno;
...
11361                     th_found = th;
11362 fprintf(stderr,"%4d) th_found=%d\n",__LINE__,th);                   found = 1;
11363                     break;
...
11369                     th_found = th;
11370 fprintf(stderr,"%4d) th_found=%d\n",__LINE__,th);                    found = 1;
11371                     break;
...
11386         }
11387 fprintf(stderr,"%4d) th=%d th_found=%d\n",__LINE__,th,th_found);        if ((th->status == THREAD_RUNNABLE || th == th_found) && th->stk_ptr) {
11388             if (!next || next->priority < th->priority) {
11389 fprintf(stderr,"%4d) next=th\n",__LINE__);              next = th;
11390             }

実行結果はこんな感じになります。
(使用したのはruby 1.8.8dev (2009-08-06 revision 24416) [i686-linux]です)

11250) need_select=1
11268) n=1
11370) th_found=142481000
11387) th=142326496 th_found=142481000
11389) next=th
11387) th=142481000 th_found=142481000
11250) need_select=1
11268) n=1
11370) th_found=142490464
11387) th=142481000 th_found=142490464
11389) next=th
11387) th=142326496 th_found=142490464
11387) th=142490464 th_found=142490464
11250) need_select=1
11268) n=1
11370) th_found=142481000
11387) th=142326496 th_found=142481000
11389) next=th
11387) th=142490464 th_found=142481000
11387) th=142481000 th_found=142481000
...

1.8.7-p35でも現象が発生します。1.8.7-p{72,134}と1.9.0-p0ではすぐに終了します。
-- 
やまだ