高尾宏治です。

trunk の r18741 で修正された config.guess が、
Mac OSX 10.5.4 の環境で「i386-apple-darwin9.4.0」を返します。
r18741 より前は「i686-apple-darwin9.4.0」を返していました。

  $ sh config.guess
  i386-apple-darwin9.4.0

  $ sh config.guess.r18470 
  i686-apple-darwin9.4.0

r18470 までのものは、Intel Mac であれば i686 にしていたようです。

  *:Darwin:*:*)
    case `uname -p` in
      *86) UNAME_PROCESSOR=i686 ;;
      powerpc) UNAME_PROCESSOR=powerpc ;;

config.guess を修正すれば対応できますが、
影響範囲が分かっていません。

この挙動がバグがどうかは判断できていませんが、報告をしておきます。