山本です。

>また，終了時 SEGV の問題が Tcl/Tk 8.3.5 で再び出ていたので (T_T)，
>とりあえずの patch をあてておきました．
>今のところ，原因を明確にはできていません．

http://tmml.sourceforge.net/doc/tcl/CExit.html に

No-one should ever invoke the exit system procedure directly;
always invoke Tcl_Exit instead, so that it can invoke exit handlers. 

と書いてあったのですが、これは関係ないでしょうか？

# 何となく、これを使うと after cancel が必要なくなりそうな気がします。