かわじ、です。


> > このマシンは閏秒込みに設定しているのでその関係かな、と思いましたが、
> > ただの当てずっぽうかもしれません。
> 
> Tokyo だけじゃなくて UTC にも閏秒を設定したでしょうか?

以下のようにすることによって、このマシンは「UTC にも閏秒を設定した」こと
になっていると理解していましたが、いかがでしょうか?

clookspeed をインストール済みです。
http://cr.yp.to/clockspeed.html
http://tehanu.hpcl.titech.ac.jp/time/clockspeed/

# Timezone ファイルの変更
# http://www.openbsd.org/faq/ja/faq8.html#NTPerror
cd /etc && ln -sf /usr/share/zoneinfo/right/Japan localtime

# 時刻の調整
/usr/local/clockspeed/bin/sntpclock 133.100.9.2 \
  | /usr/local/clockspeed/bin/clockadd

# clockspeed のデーモン化
ln -s /var/service/clockspeed /service

# ちなみに、現在の時刻のズレ
$ /usr/local/clockspeed/bin/sntpclock 133.100.9.2 \
  | /usr/local/clockspeed/bin/clockview
before: 2004-02-07 08:49:26.272955000000000000
after:  2004-02-07 08:49:27.570578007469810545